Il 1222 è un anno importantissimo per la città di Padova perché segna l'inizio ufficiale della storia dell'Università degli studi di Padova, nata in seguito al massiccio spostamento di scolari e professori provenienti da Bologna.
Fino al 1399 è attiva l'Università dei giuristi (Universitas Iuristarum) in cui si studiano diritto civile, diritto canonico e teologia.
A partire da questa data e sotto gli auspici di Francesco II da Carrara, viene creata l'Università degli artisti (Universitas Artistarum) che comprende gli studi di astronomia, dialettica, filosofia, grammatica, medicina e retorica. Gli studenti sono suddivisi per provenienza geografica: la natio citramontana (studenti provenienti dall'Italia) e la natio ultramontana (altri studenti).

Tra il XV e il XVIII sec. l'Università si segnala per i grandi progressi compiuti, in particolare nelle discipline medico-scientifiche, astronomiche, filosofiche e per il clima di apertura culturale garantito dalla Repubblica di Venezia, da cui l'Ateneo patavino dipende.

La presenza di Galileo Galilei a Padova, tra il 1592 e il 1610, porta grande lustro alle attività scientifiche, alle quali si aggiunge il primato di Elena Lucrezia Cornaro Piscopia , prima donna al mondo a conseguire la laurea, in Filosofia, il 25 giugno 1678.

L'Università diventa punto di riferimento importante anche per la storia quotidiana della città, in occasione delle sommosse insurrezionali del febbraio 1848 e dell'unificazione italiana nel 1861 cui partecipano direttamente studenti e professori, per acquisire poi un ruolo predominante durante i conflitti mondiali.

Il rettore Concetto Marchesi nel 1943 invita pubblicamente gli studenti a lottare contro il fascismo, azione che lo costringe a fuggire in Svizzera.

Per le attività di liberazione dal nazifascismo l'Università di Padova è stata l'unica in Italia ad essere insignita della medaglia d'oro al valor militare.
 
A partire dal secondo dopoguerra, l'Università incrementa il proprio apporto allo sviluppo ed alla collaborazione con enti scientifici a livello internazionale, cui aggiunge negli anni Novanta, una notevole espansione a livello regionale, con l'attivazione di nuove sedi distaccate che ospitano numerosi corsi di laurea.

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