La vicinanza di Padova a Venezia e Chioggia rende agevoli i collegamenti con i porti delle due città.

Se il porto di Venezia ha acquisito una notevole rilevanza a livello nazionale, quello di Chioggia è in crescita e rappresenta una utile complementarietà per l'economia padovana.

Per rafforzare il collegamento con Venezia e Chioggia, alcuni anni fa si pose mano alla costruzione di un'idrovia dedicata al collegamento via acqua di Padova con la laguna di Venezia. 

L'obiettivo rimane quello di favorire la navigazione fluviale e la fruibilità dell'interporto di Padova per natanti fluvio-marittimi. Attualmente la costruzione dell'idrovia è sospesa.